En la actualidad constituye una cuestión polémica tanto la configuración orgánica del Ministerio Público como la actuación del mismo en el proceso penal, ya que es en este ámbito donde su actuación resulta más problemática, atendiendo a los importantes intereses en juego.
En relación con la primera cuestión existe un debate importante, en primer lugar, sobre las relaciones entre el Ministerio Público con el Poder Ejecutivo y con el Poder Judicial, y, en segundo lugar, sobre la autonomía interna de los miembros de la institución a la hora de desempeñar sus funciones.
Respecto de la segunda cuestión, hay que considerar el rol del Ministerio Público en la fase de investigación del proceso penal y en el ejercicio de laacción penal.
Esta cuestión es relevante en el ordenamiento español, ya que, en los últimos -y frustrados- proyectos de reforma del proceso penal, estaba previsto, por una parte, atribuir la dirección de la investigación oficial en el proceso penal al Ministerio Fiscal, en detrimento de la figura del Juez Instructor, y, por otra parte, introducir el principio de oportunidad en ejercicio de la acción penal por parte del acusador público u oficial.
